Die Namen Die Haghe oder Den Hag(h)e wurden in der alten Stadtgeschichte verwendet, aber 1602/1603 vom offiziell bestimmten s-Gravenhage abgelöst. Dies hielt man für vornehmer, was es vielleicht auch war, denn immerhin bezog sich die Bezeichnung auf einen Jagdsitz der Grafen von Holland (= des Grafen Hag). Seit 1990 nun wird der Name Den Haag wieder verwendet, was dazu geführt hat, dass sowohl s-Gravenhage als auch Den Haag als Namen der Stadt Geltung besitzen.
An der Stelle, an der sich heute der Binnenhof mit seinen Sitzungssälen der Ersten und der Zweiten Kammer der niederländischen Generalstaaten befindet, existierte schon im 11. Jahrhundert eine Siedlung mit Dorfcharakter. In dieser Siedlung stand auch ein Gebäude für die Grafen von Holland zur Verfügung, welche dort gelegentlich übernachteten und es von Zeit zu Zeit bewohnten. Der Name des Dorfes war Die Haghe.
Im Jahre 1248 ließ Graf Wilhelm II. von Holland, der 1247 von der päpstlichen Partei zum König gewählt werden sollte, im Dorf ein Schloss bauen. Dieses konnte aber erst nach des Grafen Tode unter dessen Sohn Floris V. fertig gestellt werden. Die Haghe fungierte bereits ab dem 14. Jahrhundert als offizielle Residenz der Grafen von Holland, obwohl es noch bis in das 17. Jahrhundert hinein lediglich durch Erdwälle und Gräben gegen potenzielle äußere Feinde gesichert war. Das formale Stadtrecht bekam Die Haghe erst im frühen 19. Jahrhundert, wobei die Bevölkerung des Dorfes aber verschiedene (bspw. steuerliche) Privilegien genießen konnte. Der Bau eines Rathauses in Die Haghe ist für das Jahr 1560 belegt.
Noch bevor der Achtzigjährige Krieg (1568-1648) ausbrach, in dessen Verlauf sich die Niederlande ihre Unabhängigkeit von Spanien erkämpfen konnten, hatte man in Die Haghe mit dem Bau einer steinernen Stadtbefestigung begonnen, die indes vor dem Krieg nicht mehr vollendet wurde. Dieser Umstand machte das Dorf zu einem Opfer der feindlichen Truppen, welche die Stadt einige Male plünderten und niederbrannten.
Nach dem Ende des Krieges fungierte Den Haag ab 1648 als Residenz der Statthalter der Republik der Sieben Vereinigten Niederlande (bzw. der Vereinigten Provinzen). Diese Republik existierte mehr oder weniger zwischen 1581 und 1795 als Vorläufer der heutigen Niederlande. Die Provinzen wurden gebildet von Holland, Zeeland, Groningen, Utrecht, Friesland, Gelderland und Overijssel. Sie gibt es auch heute noch in den Niederlanden in beinahe gleicher Form. Mit der Unabhängigkeit kam eine Zeit erheblichen Wohlstandes nach Den Haag. Dieser lässt sich noch heute ablesen an Bauten wie dem Mauritshuis und den vielen großen und vornehmen Häusern, die man für Regierungsmitglieder und ausländische Staatsvertreter hat errichten lassen.
Im Jahre 1806 wurde Den Haag nun offiziell zu einer Stadt erklärt. Dies geschah auf Geheiß des Königs Ludwig Bonaparte, der einer der vier Brüder des Kaisers Napoleon I. von Frankreich und von 1806 bis 1810 als Lodewijk Napoleon Regent des von seinem Bruder geschaffenen Königreichs Holland war.
Das 20. Jahrhundert sah den vermehrten Bau von vielen Wohnungen für Beamte, aber auch für einfache Menschen.
Ein Angriff deutscher Fallschirmjäger am 10. Mai 1940 scheiterte an der Militärverteidigung Den Haags. Letzlich konnte die Wehrmacht aber nach der Kapitulation der Niederlande am 15. Mai desselben Jahres in Den Haag einmarschieren. Adolf Hitler ernannte Arthur Seyß-Inquart zum Reichskommissar für die besetzten niederländischen Gebiete. Im Stadtteil Scheveningen errichtete man ein Gefängnis (= Oranje-Hotel) zur Inhaftierung politischer Gegner. Den Haag, das über 300 Jahre von jeder Kriegsbeschädigung verschont geblieben war, erlebte am 3. März 1945 erhebliche Zerstörungen, als britische Bomber einen Luftangriff gegen deutsche V2-Abschussrampen in Den Haag ausführen wollten, durch einen Navigationsfehler aber das Wohnviertel Bezuidenhout trafen. 500 Menschen starben, 3.000 Häuser wurden zerstört.
Angehörige der marxistisch-leninistischen Terrorgruppe Japanische Rote Armee griffen 1974 die französische Botschaft in Den Haag an und nahmen den Botschafter sowie zehn weitere Personen als Geiseln. Der Polizistin Hanke Remmerswaal wurde dabei von den Geiselnehmern in den Rücken geschossen. Die Geiseln ließen die Terroristen erst frei, nachdem ein Lösegeld von 300.000 US $ gezahlt und das freie Geleit zu einem Flugzeug gesichert worden war.
Neben der Gründung der 10 Kilometer östlich von Den Haag gelegenen Trabantenstadt Zoetermeer in den 1970ern erlebte die Stadt in den 1970ern, den 1980ern und 1990ern tiefgreifende Modernisierungen. Das heutige Stadtbild ist davon natürlich geprägt und wird dominiert von sehr auffälligen Neubauten wie den Ministerienbüros nahe dem Hauptbahnhof. Bestes Beipiel diesbezüglich ist das Hoftoren, das mit 142 Metern höchste Bauwerk der Stadt.
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