Die Anfänge bis zum Spätmittelalter
Im Jahr 1121 wurde Wernigerode zum ersten Mal im Zusammenhang mit dem dort ansässig gewordenen Grafen Adalbert zu Haimar, der sich fortan Graf von Wernigerode nannte, schriftlich erwähnt. Im Jahr 1213
wurde die Burg Wernigerode als „castrum“ erwähnt. Die Altstadt war bereits im 12. Jahrhundert von einem Wall umgeben, der Anfang des 13. Jahrhunderts zu einer steinernen Mauer ausgebaut wurde, die im Ende vier Tore und nahezu 20 Türme aufwies. Am 17. April 1229 wurde der Siedlung das Stadtrecht verliehen. Im 13. Jahrhundert wurde die Stadt erweitert.
Da die Silvestrikirche seit 1265 als Chorherrenstift und Grablege des Grafenhauses diente, wurde die Liebfrauenkapelle als St.-Marien-Kirche bzw. Frauenkirche zur Pfarrkirche erhoben. Trotz des Münz- (1200) und des Stadtrechts verblieb die Gerichtsbarkeit bei den Grafen, die jedoch im Jahr 1324 Bürger als Stadtvögte und damit als Stadtrichter einsetzten. Im Jahr 1279 gab es einen Rat der Stadt und im Jahr 1388 einen Bürgermeister
Durch Zuwanderung aus den umliegenden Dörfern entstand um 1270 am nordöstlichen Rand der alten Stadt eine neue Ansiedlung – die spätere Neustadt. Die Johanniskirche wurde als Pfarrkirche der Neustadt Wernigerode im letzten Drittel des 13. Jahrhunderts im Stil der Romanik gebaut. Die Neustadt blieb bis 1529 getrennt von der Altstadt – mit einer eigenen Umfassungsmauer, einem eigenen Rat sowie ab 1428 mit eigenem Marktrecht. Die Mauer zwischen der Alt- und Neustadt wurde erst gegen Ende des 17. Jahrhunderts abgerissen.
Vom Spätmittelalter zur Neuzeit
Nach dem Ende der Grafen von Wernigerode durch den Tod des Grafen Heinrich 1429 wur-de Wernigerode Sitz der Grafen zu Stolberg, die dort über Jahrhunderte die Oberherrschaft ausübten. Während des Bauernkrieges wurden 1525 mehrere Klöster in der Umgebung ge-plündert und teilweise zerstört, darunter war das Kloster Himmelpforten im heutigen Stadtteil Hasserode. Die ie Grafschaft wurde im Jahr 1449 brandenburgisches Lehen. Nach dem Tod des Grafen Botho wurde 1538 in Grafschaft Wernigerode wurde die Refor-mation eingeführt. Während der schlimmen Hexenprozesse wurden zwischen 1521 bis 1608 etwa 20 Menschen auf dem Scheiterhaufen verbrannt Im Verlauf des Dreißigjährigen Krieg kam es zu Bränden und Plünderungen sowie zu einer Verarmung der Bevölkerung Im Jahr 1714 musste Graf Christian Ernst zu Stolberg-Wernigerode die Oberhoheit von Brandenburg-Preußens über die Grafschaft Wernigerode anerkennen.
Der von 1714 bis 1771 hier regierende Graf (1691.1771) baute das Schloss zu einer Residenz aus, außerdem ließ er u. a. die Orangerie, den Lust- und Tiergarten und das Waisenhaus er-ichten.
Während der Herrschaft Napoleons wurde Wernigerode in den Stadtkanton Wernigerode des Königreichs Westphalen integriert. Nach der Niederlage Napoleons, wurde Wernigerode dem neugebildeten Kreis Osterwieck der preußischen Provinz Sachsen untergeordnet. Aber nach einer Intervention des Grafen Henrich zu Stolberg-Wernigerode (1772-1854) wurde Wernigerode 1825 wieder Sitz eines eigenen Landkreises innerhalb des Regierungsbezirks Magdeburg. Am 29. März 1847 fiel ein Teil der Stadt - vor allem das Heideviertel – einem Feuer zum Opfer.
In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts, besonders nach dem Eisenbahnanschluss im Jahr 1872, setzte in Wernigerode neben dem beginnenden Tourismus auch eine industrielle Ent-wicklung ein. Wichtige
Industriezweige waren der Maschinen- und Werkzeugbau, die Produktion von Elektromotoren, pharmazeutische Produkte, Schokolade, Schreibwaren und Bau-stoffe. Beflügelt durch den Tourismus wurde im Jahr 1908
richtete Wernigerode ein kom-munales Fremdenverkehrsamt eröffnet.
NS-Zeit, Zweiter Weltkrieg
Während des Zweiten Weltkrieges wurden in den Rautal-Werken GmbH, Teile für die Rüstungsindustrie gefertigt. Viele Arbeiter waren Zwangsarbeiter und KZ-Häftlinge, die in einem Barackenlager am Ziegenberg. Leben mussten 1942 wurde ein weiteres Lager am Veckenstedter Weg 23 errichtet. Anfangs waren hier 95 Häftlinge untergebracht, später waren es 800. Die Häftlinge vom Veckenstedter Weg wurden im Dezember 1944 in das Lager Steinerne Renne verlegt, das im Stadtteil Hasserode von den Wernig-Werken genutzt wurde. Sie gehörten zum Dessauer Junkers-Konzern, der 1944 einzelne Abteilungen aus Magdeburg und Köthen in die Gebäude der Argenta-Schokoladenfabrik im Wernigeröde- Hasserode zu verlegte. 500 Häftlinge wurden vor Eintreffen der US-Truppen auf einen Todesmarsch in Richtung KZ Theresienstadt geschickt, von denen nur 57 überlebt hatten.
Zahlreiche B-17-Bomber der US-Airforce griffen am 22. Februar 1944 die Stadt an, was zu über 200 Todesopfern führte. Außerdem wurden viele Gebäude, besonders in der Neustadt rund um die Johanniskirche, zerstört. Anfang April 1945 erhielt der Stadtkommandant, Oberst Gustav Petri (1888-1945), den Befehl, die Stadt gegen die vorrückende US-Armee zu verteidigen. Da er sich weigerte, diesen Befehl auszuführen, konnte die Stadt am 11. April bei nur geringem Widerstand besetzt werden und blieb deswegen von weiteren Zerstörungen verschont. Petri wurde daraufhin am 12. April 1945 erschossen.
Nach 1945 bis heutzutage
Zur Zeit der DDR war Wernigerode von 1952 bis 1990 Kreisstadt des gleichnamigen Kreises im Bezirk Magdeburg. Im Jahr 1970 wurde in Wernigerode ein 24,3 Gramm schwerer Steinmeteorit gefunden, und zwar auf dem Dachboden eines Hauses, dessen Dach im Zweiten Weltkrieg zerstört worden war. Im Verlauf der DDR-Zeit verkamen zahlreiche Häuser und die Stadt verarmte, nicht zuletzt, da der Brocken als militärisches Sperrgebiet als Ausflugsort entfiel.
Nach der Neugründung der Bundesländer nach der Wiedervereinigung durch das Ländereinführungsgesetz von 1990 war Wernigerode Kreisstadt des Landkreises, bis der Landkreis durch die Kreisreform von Sachsen-Anhalt im Jahr 2007 in dem Landkreis Harz aufging und Halberstadt stattdessen zur Kreisstadt wurde. Bis heutzutage wurden die meisten alten Häuser wieder restauriert und die Stadt ist zu einem beliebten Ausflugsort geworden, besonders zum 1.141,2 m hohen Brocken.